Entrato in carriera diplomatica nel 1985, Sequi ha prestato i suoi primi incarichi all’estero a Teheran, New York e Tirana. Nel 2004 viene nominato ambasciatore d’Italia a Kabul. Nel 2010 presta servizio presso l’Unione Europea in qualità di rappresentante speciale dell’UE per l’Afghanistan e il Pakistan con titolo di ambasciatore e nel 2011 è distaccato presso il SEAE con la funzione di capo delegazione UE Albania in Tirana. Nel 2015 viene nominato ambasciatore d’Italia a Pechino.
Ha svolto le funzioni di capo di Gabinetto per i ministri Federica Mogherini, Paolo Gentiloni e Luigi Di Maio.
L’ambasciatore Ettore Francesco Sequi assume oggi l’incarico di Segretario Generale della Farnesina
